Le quartier général des Beati Paoli était le réseau de couloirs et de cavernes qui faisaient partie d’une ancienne nécropole chrétienne, sous le quartier du Capo. Derrière une crypte de l’église de Santa Maria di Gesù al Capo, située Piazza Beati Paoli, un passage actuellement muré menait à une grotte considérée par beaucoup comme le « tribunal » de la secte. Un autre accès se trouve vicolo degli orfani. L’espace souterrain contient un puits, un siège semi-circulaire et deux étroites galeries menant à d’autres grottes. Il s’agit probablement d’une « chambre du scirocco » où l’on pouvait trouver de la fraîcheur et un abri pendant les chaudes journées d’été. Les Catacombes de Porta d’Ossuna, lieu de sépulture des premières communautés chrétiennes, est un autre lieu de réunion légendaire de la secte des Beati Paoli. L’un des lieux les plus importants de l’histoire des Beati Paoli est l’église San Matteo al Cassaro. Entre les armoires de bois de la Sacristie, un prie-Dieu dissimule une porte donnant accès un passage secret des Beati Paoli décrit par Luigi Natoli.