Il quartiere generale dei Beati Paoli era la rete di cunicoli e caverne facenti parte di un’antica necropoli cristiana, sotto il rione del Capo. Dietro una cripta della chiesa di Santa Maria di Gesù al Capo sita in Piazza Beati Paoli, un passaggio, attualmente murato, conduceva ad una grotta considerata da molti come “tribunale” della setta. Un altro accesso si trova sul vicolo degli orfani. Il vano sotterraneo presenta un pozzo, un sedile semicircolare e due strette gallerie che conducono ad altre grotte. Probabilmente, si tratta di una “camera dello scirocco” dove si poteva trovare refrigerio e riparo durante le calde giornate estive. Le Catacombe di Porta d’Ossuna, luogo di sepoltura delle prime comunità cristiane, furono un altro leggendario luogo di ritrovo della setta dei Beati Paoli. Uno dei luoghi più importanti della storia dei Beati Paoli è la chiesa di San Matteo al Cassaro. Fra gli armadi lignei della Sacrestia, un genuflessorio maschera una porta che nasconde il passaggio segreto dei Beati Paoli descritto da Luigi Natoli.